He estado trabajando en un website que usa el gestor de usuarios como una base de datos de clientes para un componente de mailing masivo y aun habiendo desactivado los emails del sistema para el registro y para los usuarios en concreto estos siempre recibian el mail que les avisaba que habian sido dados de alta mostrandoles sus datos de acceso.

La solución drástica para eliminar cualquier mail a los usuarios desde el componente com_users es administrator/components/com_users/controller.php desde la linea 175 hasta la 189 lasí:

/*if ($isNew) {
$adminEmail = $me->get('email');
$adminName = $me->get('name');
$subject = JText::_('NEW_USER_MESSAGE_SUBJECT');
$message = sprintf ( JText::_('NEW_USER_MESSAGE'), $user->get('name'), $SiteName, JURI::root(), $user->get('username'), $user->password_clear );
if ($MailFrom != '' && $FromName != '')
{
$adminName = $FromName;
$adminEmail = $MailFrom;
}
JUtility::sendMail( $adminEmail, $adminName, $user->get('email'), $subject, $message );
}*/

De esta forma nos aseguramos que nadie reciba ningún tipo de mail del sistema durante el proceso del registro, claro está esto es un hack a la parte administrativa por lo que no podemos utilizar Template Override así que en futuras actualizaciones deberemos tener en cuenta este hecho.